Ponieważ zakrzepica żył głębokich wiąże się z poważnym zagrożeniem życia, niezwykle istotna jest jej profilaktyka. Jej głównymi zasadami jest unikanie długotrwałego unieruchomienia, wprowadzenie szybkiej rehabilitacji osób hospitalizowanych, a także stosowanie leczenia przeciwzakrzepowego u osób z grupy podwyższonego ryzyka. Liczne badania wskazują na pozytywny wpływ fizjoterapii i kompresoterapii, które w połączeniu z farmakoterapią skutecznie zapobiegają nawrotom epizodów zakrzepowych.
